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Il y a 10 ans, un virus proche du SARS-CoV-2 circulait déjà dans les grottes du Cambodge 14 février, 2021

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Il y a 10 ans, un virus proche du SARS-CoV-2 circulait déjà dans les grottes du Cambodge

Par Alexandre Hassanin, maître de conférences à Sorbonne Université. En partenariat avec The Conversation.

Par The Conversation

Publié le 03 février 2021 à 10h05 Mis à jour le 03 février 2021 à 10h07

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En novembre et décembre 2010, des chercheurs de l’ISYEB (Institut de systématique, évolution, biodiversité du Muséum national d’Histoire naturelle) ont exploré plusieurs sites au nord du Cambodge sur invitation de l’Unesco et des autorités cambodgiennes.

L’objectif était de mieux caractériser la biodiversité des chauves-souris de la région du temple de PreahVihear. Cette mission a permis de collecter des données sur un grand nombre d’espèces de chauve-souris incluant huit espèces du genre Rhinolophus.

Aujourd’hui, ce genre de chauve-souris intéresse au plus haut point les scientifiques, car il constitue le réservoir des Sarbecovirus, le groupe de la famille des coronavirus contenant les virus humains SARS-CoV et SARS-CoV-2, respectivement responsables de l’épidémie de SRAS en 2002-2004 et de l’actuelle pandémie de Covid-19. Or, à l’époque, ces chercheurs avaient eu l’idée de contacter l’Institut Pasteur du Cambodge (IPC) afin de permettre des études virologiques sur les chauves-souris capturées.

Après avoir été conservés pendant 10 ans dans un congélateur à -80 °C, ces échantillons ont récemment été testés par les chercheurs de l’IPC dans le but de détecter des Sarbecovirus. Pari gagnant puisque deux échantillons trouvés positifs par PCR (Polymerase Chain Reaction, test similaire à ceux que nous connaissons bien aujourd’hui) ont ensuite été envoyés à l’Institut Pasteur de Paris pour séquençage de leur génome complet.

C’est ainsi que nous avons pu décrire deux variants d’un nouveau virus proche du SARS-CoV-2 chez deux chauves-souris de l’espèce Rhinolophusshameli capturées en 2010 dans une grotte de la province de SteungTreng.

Ils ont été nommés RshSTT182 et RshSTT200, « Rsh » faisant référence à l’espèce de chauve-souris et « STT » à la province d’origine.

Les résultats de cette nouvelle recherche sont en libre accès sur le site bioRxiv en attendant la revue par les pairs. Cette pratique est aujourd’hui très utilisée afin de transmettre rapidement de nouvelles connaissances à propos de la pandémie de Covid-19.

Chez les chauves-souris, les virus apparentés au SARS-CoV-2 sont présents au Yunnan et en Asie du Sud-Est continentale.

La découverte de ce nouveau virus au nord du Cambodge est importante, car il s’agit du premier virus proche du SARS-CoV-2 trouvé en dehors de la Chine (93 % d’identité génomique : 27 819 identiques sur les 29 913 bases alignées des deux génomes). En effet, tous les virus précédemment décrits avaient été détectés chez des animaux collectés en Chine. Ils comprennent deux virus découverts chez deux espèces de chauves-souris attrapées au sud de la Chine dans des grottes de la province du Yunnan : RaTG13 (96 % d’identité avec SARS-CoV-2) et RmYN02 (94 %) respectivement isolés à partir de Rhinolophus affinis et Rhinolophusmalayanus. Par ailleurs, deux autres virus plus divergents (90 et 85 % d’identité avec SARS-CoV-2) ont été trouvés chez des pangolins de l’espèce Manisjavanica saisis par les douanes chinoises dans les provinces de Guangdong et Guangxi.

Le nouveau virus du Cambodge a été détecté chez Rhinolophusshameli, une espèce de chauve-souris endémique de l’Asie du Sud-Est. Il est important de noter que la distribution géographique de cette espèce ne déborde pas sur la Chine et en particulier le Yunnan où ont été trouvés les virus RaTG13 et RmYN02.

Cela signifie que les virus apparentés au SARS-CoV-2 circulent depuis plusieurs décennies (d’après les datations moléculaires) dans toute l’Asie du Sud-Est et le Yunnan via plusieurs espèces de Rhinolophus qui peuvent échanger ces virus dans les grottes où elles se côtoient régulièrement. Ainsi, ces nouvelles données valident l’hypothèse selon laquelle les virus proches du SARS-CoV-2 sont davantage diversifiés en Asie du Sud-Est, alors que ceux apparentés au SARS-CoV ont plutôt évolué en Chine. Rappelons ici que les chercheurs chinois prospectent depuis une quinzaine d’années dans toutes les provinces du pays pour découvrir de nouveaux Sarbecovirus. Ainsi, plus d’une centaine de virus du groupe SARS-CoV ont été découverts en Chine contre seulement deux virus du groupe SARS-CoV-2 (RaTG13 et RmYN02), tous deux originaires du Yunnan, la province la plus proche des pays d’Asie du Sud-Est.

 

Contamination des pangolins par des chauves-souris en Asie du Sud-Est

Les pangolins étaient autrefois présents dans toutes les forêts d’Asie du Sud-Est et du sud de la Chine. Ces dernières décennies, leurs effectifs ont diminué de façon drastique et inquiétante en grande partie à cause de la déforestation massive liée à l’intensification de l’agriculture. Parallèlement, cette déforestation a facilité la tâche des braconniers. Or, l’augmentation de la chasse des pangolins, due à leur trafic illégal très lucratif, a contribué à faire considérablement baisser les populations des différentes espèces de pangolins (y compris en Afrique !).

Le pangolin malais (Manisjavanica) est la seule espèce sauvage n’appartenant pas aux chiroptères chez laquelle ont été découverts des virus apparentés au SARS-CoV-2. Le problème est que ces découvertes ont été réalisées dans un contexte un peu particulier : plusieurs animaux malades ont été saisis par les douanes chinoises dans la province de Guangxi en 2017-2018 et dans la province de Guangdong en 2019.

Même si les virus séquencés chez ces pangolins ne sont pas très proches du SARS-CoV-2 (85 et 90 % d’identité), ils montrent qu’au moins deux Sarbecovirus ont pu être importés sur le territoire chinois bien avant l’épidémie de Covid-19. Il est important de rappeler ici que la plupart des pangolins saisis par les douanes chinoises étaient très malades, notamment en raison de la prolifération des Sarbecovirus dans leurs poumons. Ainsi, ces animaux présentaient une charge virale très importante et ils étaient hautement contagieux.

Il a été montré que des pangolins d’origines géographiques différentes en Asie du Sud-Est se sont contaminés entre eux sur le territoire chinois, évidemment à cause de leur captivité. Une des questions en suspens était de savoir si certains pangolins avaient pu être préalablement infectés par des chauves-souris dans leur milieu naturel.

La découverte d’un nouveau virus proche du SARS-CoV-2 chez des chauves-souris du Cambodge permet de corroborer cette hypothèse, car les rhinolophes et les pangolins peuvent se rencontrer dans les grottes d’Asie du Sud-Est. Cela renforce considérablement l’hypothèse selon laquelle le trafic des pangolins est responsable de multiples exportations vers la Chine de virus du groupe SARS-CoV-2.

Effet « boule de neige » de l’élevage des petits carnivores en Chine ?

On sait aujourd’hui que plusieurs espèces de petits carnivores sont aussi très sensibles au Sarbecovirus. En 2002-2004, plusieurs petits carnivores maintenus en cage dans des marchés ou des restaurants chinois avaient été trouvés positifs au SARS-CoV, tels que la civette masquée (Pagumalarvata), le chien viverrin (Nyctereutesprocyonoides) et le blaireau-furet (Melogalemoschata).

Rappelons ici que ces petits carnivores sont des mammifères solitaires et nocturnes, tout comme les pangolins d’ailleurs. Dans la nature, la contamination occasionnelle d’un individu de ces espèces par un Sarbecovirus de chauves-souris a très peu de chance d’entraîner une épidémie. En revanche, un individu infecté placé dans un élevage intensif peut entraîner une rapide évolution incontrôlable de ce type de virus.

En 2020, des visons d’Amérique (espèce Neovison vison) élevés pour leur fourrure ont été contaminés par des SARS-CoV-2 d’origine humaine dans plusieurs pays : Danemark, Espagne, États-Unis, France, Grèce, Italie, Pays-Bas et Suède. Ces exemples nous ont appris que maintenir des centaines voire des milliers de petits carnivores en captivité constituait un risque sanitaire majeur, car le virus est susceptible de diffuser très rapidement dans les élevages et d’y évoluer en produisant de nouveaux variants potentiellement plus contaminants ou plus dangereux pour l’être humain que la souche initiale.

Plusieurs pangolins infectés par des virus apparentés au SARS-CoV-2 ont été saisis sur le sol chinois entre 2017 et 2019. Il est fort probable que d’autres pangolins infectés par d’autres lignées virales ont circulé sur le territoire chinois ces dernières années en raison du grand nombre d’animaux importés illégalement, le plus souvent vivants.

Comment alors ne pas envisager que certains d’entre eux, aient pu croiser la route (ou plutôt la cage !) de petits carnivores d’élevage ? Si cela est arrivé, le carnivore contaminé a pu très rapidement transmettre le virus à ses congénères dans les hangars utilisés pour l’élevage. Cet effet « boule de neige » pourrait être la dernière étape à l’origine de la pandémie de Covid-19.

Est-il possible de tester cette hypothèse ? Cela ne semble pas impossible car les articles scientifiques publiés sur les visons (Neovison vison) et les chiens viverrins (Nyctereutesprocyonoides) élevés en Chine pour leur fourrure révèlent des infections par plusieurs virus respiratoires au cours de ces dernières années, tels que celui de la maladie de carré (CDV) ou ceux des grippes aviaires (H5N1 et H9N2).

Autrement dit, il y a eu de multiples campagnes de prélèvements biologiques (sang, organes et fèces). Il serait souhaitable que nos collègues chinois ressortent ces échantillons des congélateurs pour étudier une possible infection par des Sarbecovirus. Cela pourrait s’avérer très utile pour mieux comprendre pourquoi les épidémies émergent en Chine et pas ailleurs.

Alexandre Hassanin, Maître de Conférences (HDR) à Sorbonne Université, ISYEB – Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Muséum national d’histoire naturelle (MNHN)

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Article intéressant paru dans le Nouvel Obs.

Il est en accord avec ce que je pense depuis plusieurs années. 
Si l’être humain ne comprend pas qu’il exerce une pression beaucoup trop importante sur la planète et ses ressources, lesquelles ne sont pas illimitées et que, ce faisant,il se met à portée des virus qui infestent les espèces animales dont il envahit les territoires alors il faut qu’il se prépare à des catastrophes à venir dont la pandémie du Covid 19 ne nous donne qu’une faible idée.
Inutile de nous réfugier derrière des théories farfelues qui ne visent qu’à nous exonérer de nos responsabilités individuelles et collectives…

Merci Jean-Pierre pour ce partage …

Il Divo – Time to Say Goodbye (Con Te Partirò) [Live In London 2011] 13 février, 2021

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La Dernière Classe » Alphonse Daudet 12 février, 2021

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Pour nos enfants, petits-enfants et arrière-petits-enfants.. Daudet est né à Bezouce ( Gard ) entre Remoulins et Nîmes !

La Dernière Classe » Alphonse Daudet

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Ce matin-là j’étais très en retard pour aller à l’école, et j’avais grand peur d’être grondé, d’autant que M. Hamel nous avait dit qu’il nous interrogerait sur les participes, et je n’en savais pas le premier mot. Un moment l’idée me vint de manquer la classe et de prendre ma course à travers champs.

Le temps était si chaud, si clair.

On entendait les merles siffler à la lisière du bois, et dans le pré Rippert derrière la scierie, les Prussiens faisaient l’exercice. Tout cela me tentait bien plus que la règle des participes; mais j’eus la force de résister, et je courus bien vite vers l’école.

 

En passant devant la mairie, je vis qu’il y avait du monde arrêté près du petit grillage aux affiches.

C »est de là que nous sont venues toutes les mauvaises nouvelles, les batailles perdues, les réquisitions, les ordres de kommandantur.

Et je pensai sans m’arrêter: « Qu’est-ce qu’il y a encore ? »

 

Alors, comme je traversais la place en courant, le forgeron Wachter,qui était là avec son apprenti en train de lire l’affiche, me cria:

« Ne te dépêche pas tant, petit; tu y arriveras toujours assez tôt à ton école ! »

Je crus qu’il se moquait de moi, et j’entrai tout essoufflé dans la petite cour de M. Hamel.

 

D’ordinaire, au commencement de la classe, il se faisait un grand tapage qu’on entendait jusque dans la rue, les pupitres ouverts, fermés, les leçons qu’on répétait très haut tous ensemble en se bouchant les oreilles pour mieux apprendre, et la grosse règle du maître qui tapait sur les tables:

« Un peu de silence ! »

Je comptais sur tout ce train pour gagner mon banc sans être vu; mais justement ce jour-là tout était tranquille, comme un matin de dimanche.

Par la fenêtre ouverte, je voyais mes camarades déjà rangés à leurs places, et M. Hamel, qui passait et repassait avec la terrible règle en fer sous le bras.

Il fallut ouvrir la porte et entrer au milieu de ce grand calme.

Vous pensez, si j’étais rouge et si j’avais peur!

Eh bien, non. M. Hamel me regarda sans colère et me dit très doucement:

 

Va vite à ta place, mon petit Frantz; nous allions commencer sans toi. »

J’enjambai le banc et je m’assis tout de suite à mon pupitre.

Alors seulement, un peu remis de ma frayeur, je remarquai que notre maître avait sa belle redingote verte, son jabot plissé fin et la calotte de soie noire brodée qu’il ne mettait que les jours d’inspection ou de distribution de prix.

Du reste, toute la classe avait quelque chose d’extraordinaire et de solennel.

> Mais ce qui me surprit le plus, ce fut de voir au fond de la salle, sur les bancs qui restaient vides d’habitude, des gens du village assis et silencieux comme nous, le vieux Hauser avec son tricorne, l’ancien maire, l’ancien facteur, et puis d’autres personnes encore.

Tout ce monde-là paraissait triste; et Hauser avait apporté un vieil abécédaire mangé aux bords qu’il tenait grand ouvert sur ses genoux, avec ses grosses lunettes posées en travers des pages.

Pendant que je m’étonnais de tout cela, M. Hamel était monté dans sa chaire, et de la même voix douce et grave dont il m’avait reçu, il nous dit:

 

« Mes enfants, c’est la dernière fois que je vous fais la classe. L’ordre est venu de Berlin de ne plus enseigner que l’allemand dans les écoles de l’Alsace et de la Lorraine… Le nouveau maître arrive demain. Aujourd’hui c’est votre dernière leçon de français. Je vous prie d’être bien attentifs.»

Ces quelques paroles me bouleversèrent. Ah ! les misérables, voilà ce qu’ils avaient affiché à la mairie.

Ma dernière leçon de français !…

 

Et moi qui savais à peine écrire ! Je n’apprendrais donc jamais !

Il faudrait donc en rester là !… Comme je m’en voulais maintenant du temps perdu, des classes manquées à courir les nids ou à faire des glissades sur la Saar !

Mes livres que tout à l’heure encore je trouvais si ennuyeux, si lourds à porter, ma grammaire, mon histoire sainte me semblaient à présent de vieux amis qui me feraient beaucoup de peine à quitter.

C’est comme M. Hamel. L’idée qu’il allait partir, que je ne le verrais plus me faisait oublier les punitions et les coups de règle.

Pauvre homme !

C’est en l’honneur de cette dernière classe qu’il avait mis ses beaux habits du dimanche, et maintenant je comprenais pourquoi ces vieux du village étaient venus s’asseoir au bout de la salle.

Cela semblait dire qu’ils regrettaient de ne pas y être venus plus souvent, à cette école. C’était aussi comme une façon de remercier notre maître de ses quarante ans de bons services, et de rendre leurs devoirs à la patrie qui s’en allait…

J’en étais là de mes réflexions, quand j’entendis appeler mon nom.

C’était mon tour de réciter.

Que n’aurais-je pas donné pour pouvoir dire tout au long cette fameuse règle des participes, bien haut, bien clair, sans une faute; mais je m’embrouillai aux premiers mots, et je restai debout à me balancer dans mon banc, le cœur gros, sans oser lever la tête.

J’entendais M. Hamel qui me parlait:

«Je ne te gronderai pas, mon petit Frantz, tu dois être assez puni… voilà ce que c’est.

Tous les jours on se dit: Bah ! j’ai bien le temps. J’apprendrai demain.

Et puis tu vois ce qui arrive… Ah! ç’a été le grand malheur de notre Alsace de toujours remettre son instruction à demain.

 Maintenant ces gens-là sont en droit de nous dire: Comment !

Vous prétendiez être Français, et vous ne savez ni parler ni écrire votre langue !…

Dans tout ça, mon pauvre Frantz, ce n’est pas encore toi le plus coupable.

Nous avons tous notre bonne part de reproches à nous faire.

« Vos parents n’ont pas assez tenu à vous voir instruits. Ils aimaient mieux vous envoyer travailler à la terre ou aux filatures pour avoir quelques sous de plus.

Moi-même n’ai-je rien à me reprocher?

Est-ce que je ne vous ai pas souvent fait arroser mon jardin au lieu de travailler?

Et quand je voulais aller pêcher des truites, est-ce que je me gênais pour vous donner congé ?… »

Alors d’une chose à l’autre, M. Hamel se mit à nous parler de la langue française, disant que c’était la plus belle langue du monde, la plus claire, la plus solide: qu’il fallait la garder entre nous et ne jamais l’oublier, parce que, quand un peuple tombe esclave, tant qu’il tient sa langue, c’est comme s’il tenait la clef de sa prison…

Puis il prit une grammaire et nous lut notre leçon.

J’étais étonné de voir comme je comprenais.

Tout ce qu’il disait me semblait facile, facile.

Je crois aussi que je n’avais jamais si bien écouté, et que lui non plus n’avait jamais mis autant de patience à ses explications.

On aurait dit qu’avant de s’en aller le pauvre homme voulait nous donner tout son savoir, nous le faire entrer dans la tête d’un seul coup.

La leçon finie, on passa à l’écriture. Pour ce jour-là, M. Hamel nous avait préparé des exemples tout neufs, sur lesquels était écrit en belle ronde: France, Alsace, France, Alsace. Cela faisait comme des petits drapeaux qui flottaient tout autour de la classe pendu à la tringle de nos pupitres.

Il fallait voir comme chacun s’appliquait, et quel silence !

On n’entendait rien que le grincement des plumes sur le papier.

Un moment des hannetons entrèrent; mais personne n’y fit attention, pas même les tout petits qui s’appliquaient à tracer leurs bâtons, avec un cœur, une conscience, comme si cela encore était du français… Sur la toiture de l’école, des pigeons roucoulaient bas, et je me disais en les écoutant:

« Est-ce qu’on ne va pas les obliger à chanter en allemand, eux aussi ? »

De temps en temps, quand je levais les yeux de dessus ma page, je voyais M. Hamel immobile dans sa chaire et fixant les objets autour de lui comme s’il avait voulu emporter dans son regard toute sa petite maison d’école… Pensez !

Depuis quarante ans, il était là à la même place, avec sa cour en face de lui et sa classe toute pareille.

Seulement les bancs, les pupitres s’étaient polis, frottés par l’usage; les noyers de la cour avaient grandi, et le houblon qu’il avait planté lui-même enguirlandait maintenant les fenêtres jusqu’au toit.

Quel crève-cœur ça devait être pour ce pauvre homme de quitter toutes ces choses, et d’entendre sa sœur qui allait, venait, dans la chambre au-dessus, en train de fermer leurs malles ! car ils devaient partir le lendemain, s’en aller du pays pour toujours.

Tout de même il eut le courage de nous faire la classe jusqu’au bout.

Après l’écriture, nous eûmes la leçon d’histoire; ensuite les petits chantèrent tous ensemble le BA BE BI BO BU.

Là-bas au fond de la salle, le vieux Hauser avait mis ses lunettes, et, tenant son abécédaire à deux mains, il épelait les lettres avec eux.

On voyait qu’il s’appliquait lui aussi; sa voix tremblait d’émotion, et c’était si drôle de l’entendre, que nous avions tous envie de rire et de pleurer.

Ah ! je m’en souviendrai de cette dernière classe…

Tout à coup l’horloge de l’église sonna midi, puis l’Angélus. Au même moment, les trompettes des Prussiens qui revenaient de l’exercice éclatèrent sous nos fenêtres… M. Hamel se leva, tout pâle, dans sa chaire. Jamais il ne m’avait paru si grand.

« Mes amis, dit-il, mes amis, je… je… »

Mais quelque chose l’étouffait. Il ne pouvait pas achever sa phrase.

Alors il se tourna vers le tableau, prit un morceau de craie, et, en appuyant de toutes ses forces, il écrivit aussi gros qu’il put:

« VIVE LA FRANCE ! »

 

Puis il resta là, la tête appuyée au mur, et, sans parler, avec sa main il nous faisait signe:

« C’est fini… allez-vous-en. »

 

*** *** ***

 

Ce conte d’Alphonse Daudet est tiré des  » Contes du lundi  » .

L’histoire se passe en 1871 après la défaite et l’occupation de l’Alsace-Lorraine par les prussiens

 » L’Angélus sonna . Suivi des trompettes prussiennes .

Le français cessa d’être la langue enseignée « !

A lire , pour ceux qui aiment la poésie , pour ceux qui aiment la France .

Avant peut-être que d’autres trompettes sonnent comme le firent à cette époque les trompettes Prussiennes .

Comme cet instituteur écrivons  » Vive la France  » au tableau noir pendant qu’il en est encore temps !

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Recettes 10 février, 2021

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